genomewide plot of CNVs
Details
The function generates a plot containing genomewide copy number variants (CNV) chr, start, end, freq(uencies).
Examples
knitr::kable(cnv,caption="A CNV dataset")
#>
#>
#> Table: A CNV dataset
#>
#> |chr | start| end|band | freq|
#> |:---|---------:|---------:|:------------------|----:|
#> |1 | 9795| 107900000|p21.3-p13.3 | 1|
#> |1 | 97883261| 100200000|p21.3-p21.2 | 1|
#> |1 | 70123190| 74688347|p31.1 | 2|
#> |1 | 64938246| 75289480|p31.3-p31.1 | 2|
#> |1 | 16355196| 18418523|p36.13 | 1|
#> |1 | 3161052| 5742617|p36.32-p36.31 | 1|
#> |1 | 1549605| 2086092|p36.33 | 1|
#> |1 | 252331| 5423916|p36.33-p36.1 | 2|
#> |1 | 564404| 6212582|p36.33-p36.31 | 3|
#> |1 | 846707| 4725325|p36.33-p36.32 | 4|
#> |1 | 120840| 2879900|p36.33-p36.32 | 5|
#> |1 | 146200000| 147400000|q21.1 | 5|
#> |1 | 146600000| 147400000|q21.1 | 6|
#> |1 | 145900000| 147800000|q21.1-q21.2 | 2|
#> |1 | 146200000| 147400000|q21.1-q21.2 | 3|
#> |1 | 146500000| 147500000|q21.1-q21.2 | 4|
#> |1 | 146000000| 148500000|q21.1-q21.2 | 5|
#> |1 | 145400000| 148900000|q21.1-q21.2 | 6|
#> |1 | 146000000| 148500000|q21.1-q21.2 | 7|
#> |1 | 146100000| 147800000|q21.1-q21.2 | 8|
#> |1 | 146100000| 147800000|q21.1-q21.2 | 9|
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#> |1 | 145900000| 147800000|q21.1-q21.2 | 13|
#> |1 | 146200000| 149100000|q21.1-q21.2 | 14|
#> |1 | 145800000| 147800000|q21.1-q21.2 | 15|
#> |1 | 145900000| 147800000|q21.1-q21.2 | 16|
#> |1 | 146500000| 147400000|q21.1-q21.2 | 17|
#> |1 | 146100000| 147800000|q21.1-q21.2 | 18|
#> |1 | 145900000| 148500000|q21.1-q21.2 | 19|
#> |1 | 145900000| 147900000|q21.1-q21.2 | 20|
#> |1 | 146200000| 147800000|q21.1-q21.2 | 21|
#> |1 | 146600000| 147800000|q21.1-q21.2 | 22|
#> |1 | 146200000| 147800000|q21.1-q21.2 | 23|
#> |1 | 146300000| 147800000|q21.1-q21.2 | 24|
#> |1 | 146100000| 147800000|q21.1-q21.2 | 25|
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#> |1 | 145900000| 147800000|q21.1-q21.2 | 27|
#> |1 | 146200000| 147800000|q21.1-q21.2 | 28|
#> |1 | 156000000| 156600000|q22-q23.1 | 1|
#> |1 | 169600000| 171500000|q24.2-q24.3 | 2|
#> |1 | 170000000| 179300000|q24.2-q25.2 | 3|
#> |1 | 24312000| 24407000|q43-q44 | 2|
#> |1 | 243000000| 249200000|q43-q44(ter) | 3|
#> |1 | 243700000| 243800000|q44 | 3|
#> |1 | 243800000| 243900000|q44 | 4|
#> |2 | 77998774| 81269594|p12 | 1|
#> |2 | 77347753| 78142794|p12 | 2|
#> |2 | 71970821| 80073702|p13.2-p12 | 1|
#> |2 | 66009063| 69758725|p14-p13.3 | 1|
#> |2 | 50922834| 50970691|p16.3 | 1|
#> |2 | 50393050| 50928194|p16.3 | 2|
#> |2 | 51251498| 51260612|p16.3 | 3|
#> |2 | 51205906| 51260612|p16.3 | 4|
#> |2 | 51218717| 51251528|p16.3 | 5|
#> |2 | 51158216| 51212338|p16.3 | 6|
#> |2 | 50775890| 50947729|p16.3 | 7|
#> |2 | 51107486| 51272118|p16.3 | 8|
#> |2 | 51218717| 51314401|p16.3 | 9|
#> |2 | 50882024| 50947699|p16.3 | 10|
#> |2 | 51049675| 51066608|p16.3 | 11|
#> |2 | 51245380| 51314357|p16.3 | 12|
#> |2 | 51166648| 51712211|p16.3 | 13|
#> |2 | 51172123| 51260612|p16.3 | 14|
#> |2 | 51083440| 51335159|p16.3 | 15|
#> |2 | 50943382| 51251557|p16.3 | 16|
#> |2 | 51382843| 52185445|p16.3 | 17|
#> |2 | 51088138| 51556818|p16.3 | 18|
#> |2 | 51029031| 51067114|p16.3 | 19|
#> |2 | 50882024| 50947699|p16.3 | 20|
#> |2 | 50761808| 50918478|p16.3 | 21|
#> |2 | 48632109| 51054367|p16.3 | 22|
#> |2 | 50882025| 50947700|p16.3 | 23|
#> |2 | 50970692| 51446844|p16.3 | 24|
#> |2 | 50792644| 50869915|p16.3 | 25|
#> |2 | 46739089| 46877313|p21 | 1|
#> |2 | 23463206| 24386475|p24.1-p23.3 | 1|
#> |2 | 15314761| 16487029|p24.3 | 1|
#> |2 | 21191| 2474505|p25.3 | 1|
#> |2 | 96546591| 97695402|q11.1-q11.2 | 1|
#> |2 | 103600000| 107200000|q12.1-q12.2 | 2|
#> |2 | 111400000| 113100000|q13 | 1|
#> |2 | 111400000| 113100000|q13 | 2|
#> |2 | 111400000| 113100000|q13 | 3|
#> |2 | 125100000| 130200000|q14.3 | 1|
#> |2 | 134000000| 144700000|q21.2-q22.3 | 1|
#> |2 | 144900000| 145200000|q22.3 | 1|
#> |2 | 163700000| 166700000|q24.2-q24.3 | 2|
#> |2 | 165900000| 166100000|q24.3 | 3|
#> |2 | 169300000| 171500000|q24.3-q31.1 | 4|
#> |2 | 177900000| 185400000|q31.1-q32.1 | 2|
#> |2 | 187900000| 197700000|q32.1-q32.3 | 4|
#> |2 | 197800000| 201900000|q33.1 | 1|
#> |2 | 200200000| 200200000|q33.1 | 2|
#> |2 | 200200000| 200200000|q33.1 | 3|
#> |2 | 200200000| 200300000|q33.1 | 4|
#> |2 | 202000000| 204200000|q33.1-q33.2 | 1|
#> |2 | 224900000| 228400000|q36.1-q36.3 | 1|
#> |2 | 235600000| 243200000|q37.2-q37.3 | 1|
#> |2 | 236900000| 243000000|q37.2-q37.3 | 2|
#> |2 | 239000000| 243100000|q37.3 | 1|
#> |2 | 238700000| 242800000|q37.3 | 2|
#> |3 | 69243110| 72176814|p14.1-p13 | 2|
#> |3 | 41235151| 41267778|p22.1 | 1|
#> |3 | 93979| 9037432|p26.3-p25.3 | 5|
#> |3 | 127472| 5179975|p26.3-p26.1 | 6|
#> |3 | 2376834| 2818997|p26.3-p26.2 | 8|
#> |3 | 112200000| 115800000|q13.2-q13.1 | 1|
#> |3 | 119500000| 124300000|q13.33-q21.2 | 1|
#> |3 | 136300000| 136400000|q22.3 | 1|
#> |3 | 140600000| 150000000|q23-q25.1 | 1|
#> |3 | 146100000| 152600000|q24-q25.2 | 1|
#> |3 | 181100000| 183400000|q26.33-q27.1 | 1|
#> |3 | 182900000| 186800000|q27.1-q27.3 | 2|
#> |3 | 191900000| 192500000|q28-q29 | 1|
#> |3 | 192800000| 196400000|q29 | 1|
#> |3 | 195700000| 197300000|q29 | 2|
#> |3 | 195700000| 197300000|q29 | 3|
#> |4 | 23822058| 27596737|p15.2 | 1|
#> |4 | 27358572| 31103337|p15.2-p15.1 | 2|
#> |4 | 17236773| 25028455|p15.32-p15.2 | 3|
#> |4 | 78470| 686480|p16.3 | 1|
#> |4 | 65841531| 76722496|q13.1-q21.1 | 1|
#> |4 | 63935743| 83523008|q13.1-q21.22 | 2|
#> |4 | 72192764| 74243374|q13.3 | 1|
#> |4 | 100200000| 105700000|q23-q24 | 1|
#> |4 | 134900000| 135200000|q28.3 | 2|
#> |4 | 139300000| 143400000|q28.3-q31 | 3|
#> |4 | 133100000| 141400000|q28.3-q31.1 | 4|
#> |4 | 171800000| 179900000|q33-q34.3 | 1|
#> |4 | 176300000| 190000000|q34.1-q35.2 | 2|
#> |5 | 29650810| 32991327|p13.3 | 1|
#> |5 | 16627150| 20599652|p15.1-p14.3 | 1|
#> |5 | 12310830| 15775860|p15.2-p15.1 | 2|
#> |5 | 36827| 34731|p15.33-p13.2 | 1|
#> |5 | 0| 22246042|p15.33-p14.3 | 2|
#> |5 | 22179| 15300291|p15.33-p15.1 | 3|
#> |5 | 61267182| 61461010|q12.1 | 1|
#> |5 | 88133472| 88348325|q14.3 | 3|
#> |5 | 96577938| 106700000|q15-q21.3 | 1|
#> |5 | 132600000| 134500000|q31.1 | 2|
#> |5 | 157100000| 169200000|q33.3-q35.1 | 1|
#> |5 | 175500000| 177400000|q35.2-q35.3 | 3|
#> |5 | 175600000| 177400000|q35.2-q35.3 | 4|
#> |5 | 178400000| 180700000|q35.3 | 5|
#> |6 | 73728453| 76789123|q13-q14.1 | 1|
#> |6 | 100200000| 102900000|q16.2-q16.3 | 1|
#> |6 | 145600000| 156100000|q24.3-q25.3 | 1|
#> |6 | 149500000| 149800000|q25.1 | 2|
#> |6 | 157300000| 157300000|q25.3 | 3|
#> |6 | 162300000| 164000000|q26 | 1|
#> |6 | 162700000| 170900000|q26-q27 | 2|
#> |7 | 28767983| 30683719|p15.1-p14.3 | 1|
#> |7 | 5151574| 6745570|p22.1 | 3|
#> |7 | 3861163| 5794960|p22.2-p22.1 | 4|
#> |7 | 69974679| 70061886|q11.22 | 1|
#> |7 | 72649977| 74193374|q11.23 | 2|
#> |7 | 72766313| 74133332|q11.23 | 3|
#> |7 | 72766343| 74133303|q11.23 | 4|
#> |7 | 72644268| 74194372|q11.23 | 5|
#> |7 | 72646976| 74133302|q11.23 | 6|
#> |7 | 72649977| 74133303|q11.23 | 7|
#> |7 | 72766342| 74133302|q11.23 | 8|
#> |7 | 72766343| 74133303|q11.23 | 9|
#> |7 | 88647000| 89086000|q21.13 | 1|
#> |7 | 106100000| 123200000|q22.3-q31.32 | 2|
#> |7 | 134600000| 135400000|q33 | 1|
#> |7 | 136200000| 146500000|q33-q35 | 2|
#> |7 | 146400000| 146400000|q35 | 3|
#> |7 | 146000000| 146100000|q35 | 4|
#> |7 | 146900000| 147100000|q35 | 5|
#> |7 | 146800000| 147000000|q35 | 6|
#> |7 | 148500000| 149700000|q36.1 | 1|
#> |7 | 148300000| 159100000|q36.1-q36.3 | 2|
#> |7 | 154200000| 159100000|q36.2-q36.3 | 3|
#> |8 | 16874439| 24610416|p22-p21.2 | 1|
#> |8 | 8857865| 9914664|p23.1 | 1|
#> |8 | 8130660| 9544500|p23.1 | 2|
#> |8 | 191560| 7752557|p23.3-p23.1 | 3|
#> |8 | 158048| 8093169|p23.3-p23.1 | 4|
#> |8 | 1| 5419625|p23.3-p23.2 | 7|
#> |8 | 62725453| 65329720|q12.3 | 1|
#> |8 | 65482369| 68704986|q12.3-q13.2 | 2|
#> |8 | 82279689| 93179034|q21.13-q21.31 | 1|
#> |8 | 82465431| 94622341|q21.13-q22.1 | 2|
#> |8 | 94302817| 96159268|q22.1 | 4|
#> |8 | 126600000| 139000000|q24.13-q24.23 | 2|
#> |9 | 14865546| 14915741|p22.3 | 4|
#> |9 | 12201782| 15517593|p23-p22.3 | 2|
#> |9 | 204221| 7149811|p24.1-p24.3 | 1|
#> |9 | 214366| 12907826|p24.3-p23 | 2|
#> |9 | 204221| 13069554|p24.3-p23 | 3|
#> |9 | 2141771| 5737049|p24.3-p24.1 | 4|
#> |9 | 1| 6714970|p24.3-p24.1 | 5|
#> |9 | 204221| 6541140|p24.3-p24.1 | 6|
#> |9 | 203993| 2268012|p24.3-p24.2 | 7|
#> |9 | 274517| 3905421|p24.3-p24.2 | 8|
#> |9 | 204221| 4566032|p24.3-p24.2 | 9|
#> |9 | 74422207| 77096282|q21.13 | 2|
#> |9 | 76888923| 82749930|q21.13-q21.31 | 4|
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